Như các trò chơi trước, trò chơi này nhấn mạnh cách chơi theo đội 3 người, trong đó các nhân vật có thể được gọi ra bất cứ lúc nào, và có thể tận dụng một lựa chọn thứ tự có tên là "Evolved Vs. Fighting System".

Không như Marvel vs. Capcom 2, sử dụng hệ thống 4 nút, Marvel vs. Capcom 3 chỉ sử dụng hệ thống 3 nút đơn giản, bao gồm những đòn tấn công nhẹ, vừa và nặng được làm dựa theo Tatsunoko vs. Capcom: Ultimate All-Stars, mà Capcom tin rằng "sẽ phá vỡ bức tường của điều khiển phức tạp và mở ra sân chơi đối kháng mang tính chiến thuật cho tất cả mọi người". Ngoài ra, trò chơi này còn có một tính năng khác là Phần tử X ("X-Factor"), có thể được thực hiện một lần trong trận đấu. Tính năng này sẽ làm tăng sức mạnh và tốc độ của nhân vật trong một thời gian ngắn.